در نخستین جلسه نهمین دوره شورای عالی حوزه‌های علمیه کشور، آیت الله اعرافی مدیرحوزه‌های علمیه کشور در سمت خود ابقا و دبیر اول و دوم این شورای عالی حوزوی انتخاب شدند. ؛